Namun di balik keindahan tersebut, tim juga mencatat sejumlah tantangan ekologis yang perlu mendapat perhatian serius. Salah satu ancaman utama adalah ledakan populasi Siput drupella yang berpotensi merusak jaringan karang hidup dan memperlambat pertumbuhannya. Selain itu, dominasi alga Halimeda serta sedimentasi yang menutupi permukaan karang juga menjadi faktor penghambat pertumbuhan terumbu karang. Beberapa lokasi bahkan menunjukkan karang yang patah (rubble) akibat gelombang besar, serta adanya indikasi awal pemutihan karang (coral bleaching), khususnya di perairan dangkal yang terpapar ombak tinggi.

